View/Open

Author
HADIAH, PUTRI ILLAHI

Date Published
24 Jul 2026

Advisor
Marsudi Siburian, S.Si., M.Biotech.,
Dr. dr. Andani Eka Putra, M.Sc.,
Sekar Asri Tresnaningtyas, S.Si., M.Biomed.,

Subject
Teknik Biomedis

Publisher

Leptospirosis merupakan penyakit zoonosis yang memerlukan diagnosis dini untuk mengurangi risiko komplikasi dan kematian, namun metode diagnostik konvensional masih memiliki keterbatasan. Penelitian ini bertujuan memvalidasi sistem qPCR multipleks berbasis dua wilayah konservatif gen 16s rRNA (Li1 dan Li2) untuk mendeteksi Leptospira patogen melalui evaluasi sensitivitas analitis, spesifisitas analitis, dan inklusivitas terhadap enam serovar acuan. DNA diekstraksi menggunakan metode pemanasan, kemudian dilakukan pengenceran bertingkat dari 10⁸ hingga 10¹ CFU/mL secara triplo. Batas deteksi 95% (LoD95) ditentukan menggunakan analisis probit, sedangkan spesifisitas analitis diuji terhadap sepuluh organisme non-target. Hasil penelitian menunjukkan lima dari enam serovar berhasil dideteksi secara konsisten dengan nilai linearitas (R²) 0,957–0,999 dan LoD95 berkisar 1.857–83.176 CFU/mL. Sistem menunjukkan spesifisitas analitis sebesar 100% tanpa reaktivitas silang serta nilai inklusivitas sebesar 83,3%. Serovar Pomona belum memenuhi kriteria inklusivitas karena saluran deteksi Li2 tidak menghasilkan amplifikasi yang konsisten. Analisis in silico menunjukkan tidak terdapat ketidakcocokan sekuens primer maupun probe, sehingga keterbatasan tersebut diduga berkaitan dengan faktor analitis. Secara keseluruhan, sistem qPCR multipleks dual-target berbasis gen 16s rRNA memiliki sensitivitas, spesifisitas, dan kemampuan deteksi yang baik terhadap sebagian besar serovar Leptospira patogen.

URI
https://repo.itera.ac.id/depan/submission/SB2608230004

Keyword
16s rRNA Batas Deteksi dual-target Eksklusivitas Ekstraksi pemanasan Sensitivitas analitis