View/Open

Author
CICI, ROHARISA

Date Published
27 Jul 2026

Advisor
Marsudi Siburian, S.Si., M.Biotech.,
Dr. dr. Andani Eka Putra, M. Sc.,
Sekar Asri Tresnaningtyas, S.Si., M.Biomed.,

Subject
Teknik Biomedis

Publisher

Cytomegalovirus (CMV) menjadi bagian dari DNA famili Herpesviridae yang menyebabkan infeksi laten seumur hidup dan berkaitan dengan komplikasi neurologis serta gangguan pendengaran pada neonatus. Deteksi dini sangat krusial, terutama melalui sampel urin yang bersifat noninvasif. Meskipun Real-Time PCR menjadi standar emas, protokol komersial yang tersedia umumnya dioptimalkan untuk darah atau plasma, sedangkan urin memiliki karakteristik kimiawi seperti urea dan garam yang berpotensi menghambat reaksi enzimatik PCR. Penelitian ini bertujuan melakukan optimasi parameter kritis pada kit diagnostik berbasis Real-Time PCR, meliputi volume primer, probe, dan mastermix, guna memperoleh kondisi amplifikasi yang efisien pada sampel urin, serta mengevaluasi kinerja kit teroptimasi. Hasil optimasi menunjukkan rentang Ct 31,77–35,45. Sampel 118 dan 128 menunjukkan hasil amplifikasi yang tidak konsisten pada setiap formulasi, sehingga kualitas DNA hasil ekstraksi diduga lebih berpengaruh terhadap keberhasilan amplifikasi dibandingkan modifikasi volume reagen. Pada 10 sampel negatif CMV, diperoleh 6 hasil negatif, 2 positif, dan 2 invalid. Pada 30 sampel positif CMV, sebanyak 18 sampel teramplifikasi dan 12 tidak teramplifikasi. Pada mikroorganisme non-target, sebagian besar tidak menunjukkan amplifikasi, tetapi Staphylococcus epidermidis menghasilkan Ct 32,37. Hasil evaluasi kinerja kit Real-Time PCR setelah optimasi menunjukkan adanya perbedaan hasil dengan PCR konvensional, dengan ditemukannya deteksi DNA CMV pada beberapa sampel yang sebelumnya terkonfirmasi negatif berdasarkan PCR konvensional

URI
https://repo.itera.ac.id/depan/submission/SB2608200039

Keyword
Cytomegalovirus diagnostik molekuler optimasi Real-Time PCR urin