View/Open

Author
Jelli, Kurnilia

Date Published
27 Feb 2026

Advisor
Tirta Setiawan, S.Pd., M.Si.,
Ira Safitri, S.Si., M.Si., M.Sc.,

Subject
Sains Data

Publisher

Dermatophagoides pteronyssinus merupakan tungau debu rumah penyebab utama alergi, dengan protein Der p 1 berperan penting dalam memicu respons imun. Pemahaman struktur tiga dimensi (3D) Der p 1 penting untuk analisis mekanisme alergi dan pengembangan terapi, namun data struktur eksperimental masih terbatas. Penelitian ini bertujuan memprediksi struktur 3D Der p 1 menggunakan ESMFold dan mengevaluasi akurasinya melalui superimposisi dengan referensi dari AlphaFold Database. Urutan asam amino diperoleh dari UniProt dan diproses menggunakan pipeline ESMFold dengan embedding, pair representation, Folding Trunk, serta Structure Module dengan mekanisme recycling empat kali. Hasil menunjukkan prediksi struktur memiliki skor pLDDT global ≈ 0.81 (81%) dengan distribusi homogen, menandakan konformasi stabil. Superimposisi dengan AlphaFold menghasilkan RMSD 0.505 Å dan TM-score 0.99, menunjukkan kesesuaian spasial dan topologi sangat tinggi, terutama pada domain inti dengan perbedaan kecil pada area fleksibel. Temuan ini membuktikan bahwa ESMFold mampu menghasilkan prediksi struktur 3D dengan akurasi sebanding AlphaFold, sehingga layak digunakan untuk analisis fungsional dan studi interaksi molekuler lanjutan.

URI
https://repo.itera.ac.id/depan/submission/SB2603090001

Keyword
Dermatophagoides pteronyssinus Der p 1 ESMFold Prediksi Struktur 3D Superimposisi