Pengembangan Metode Deteksi Mutasi Gen Resistensi rpoB dan katG pada Mycobacterium tuberculosis Indonesia dengan Pendekatan Bioinformatika
Resistensi obat pada Mycobacterium tuberculosis menjadi tantangan utama dalam pengendalian tuberkulosis, terutama terhadap rifampisin dan isoniazid. Mutasi pada gen rpoB dan katG diketahui berperan penting dalam mekanisme resistensi tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer spesifik untuk gen rpoB dan katG, mengidentifikasi pola mutasi pada isolat klinis dari Indonesia, dan menganalisis hubungan antara hasil sequencing serta resistensi berbasis bioinformatika. Primer dirancang secara in silico dan digunakan untuk amplifikasi DNA isolat melalui PCR. Produk PCR kemudian dimurnikan dan dianalisis melalui targeted sequencing. Data dianalisis menggunakan perangkat lunak bioinformatika Geneious Prime dan dibandingkan dengan sekuens referensi H37Rv. Mutasi rpoB yang terdeteksi yaitu H445Y, sementara mutasi katG mencakup S315T, R463L, dan insersi V503InsG. Mutasi H445Y dan S315T merupakan mutasi yang dikaitkan dengan resistensi rifampisin dan isoniazid. Nilai Phred Score ≥ 30 menunjukkan keandalan data sequencing yang dihasilkan. Mutasi pada rpoB dan katG berperan signifikan dalam resistensi obat anti-TB. Mutasi dapat diidentifikasi secara efektif melalui targeted sequencing dengan dukungan dari analisis bioinformatika. Hasil penelitian diharapkan dapat menjadi dasar bagi pengembangan metode deteksi cepat resistensi TB berbasis molekuler, seperti desain primer LAMP (Loop-mediated Isothermal Amplification), yang lebih efisien dan dapat diimplementasikan pada daerah dengan akses yang terbatas.
URI
https://repo.itera.ac.id/depan/submission/SB2508220043
Keyword
Bioinformatika Mutasi genetik Mycobacterium tuberculosis Resistensi obat Sequencing