Analisis Bioinformatika dan Docking Molekular Zerumbon dan Derivatnya Terhadap Protein Murine Double Minute 2 (MDM2) Sebagai Kandidat Antikanker Payudara
Kanker payudara merupakan penyakit tidak menular dengan prevalensi terbanyak di Indonesia. Terapi yang diberikan kepada penderita kanker payudara dinilai masih bersifat non selektif sehingga dibutuhkan kandidat antikanker baru yang berasal dari senyawa bahan alam yang terkandung pada tanaman lempuyang (Zingiber zerumbet) yaitu senyawa zerumbon. Zerumbon terbukti memiliki aktivitas apoptosis, antiproliferasi, dan antimetastasis pada kanker payudara. Pemanfaatan zerumbon dan turunannya dalam mengembangkan strategi terapi kanker masih terus dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan protein yang berpotensi sebagai target kanker payudara berdasarkan analisis bioinformatika serta menentukan derivat zerumbon dengan ikatan paling baik terhadap protein target kanker payudara berdasarkan hasil docking molekular. Penelitian ini dimulai dengan analisis bioinformatika menggunakan alat bantu komputer yaitu perangkat lunak Cytoscape untuk memperoleh 30 target protein potensial yang kemudian dari hasil studi literatur didapatkan 1 protein target terbaik. Preparasi ligan dilakukan terhadap 20 turunan zerumbon yang telah memenuhi Lipinski’s rules of five, kemudian dilanjutkan untuk proses docking molekular menggunakan Autodock tools 1.5.7 dan hasil ikatan divisualisasi menggunakan Discovery Studio. Hasil bioinformatika didapatkan protein MDM2 (ID PDB: 4MDN) sebagai protein target terbaik yang digunakan sebagai reseptor pada proses docking molekular. Penambatan 20 turunan zerumbon terhadap reseptor MDM2 diperoleh derivat 20 sebagai derivat paling potensial memiliki energi ikatan terendah -6,37 kKal/mol. Sedangkan, untuk ligan alami (Y30) diperoleh energi ikatan sebesar -10,72 kKal/mol serta obat pembanding nutlin-3a diperoleh energi ikatan 510,51 kKal/mol. Residu asam amino yang terikat pada derivat 20 terdiri dari MET A:62, ILE A:61, VAL A:75, dan VAL A:93 sedangkan pada nutlin-3a terdiri dari VAL A:75, VAL A:93 dan unfavorable bump. Hasil energi ikatan yang diperoleh menunjukkan bahwa derivat 20 berpotensi sebagai kandidat senyawa baru antikanker payudara. Meskipun demikian, penelitian eksperimental lanjutan masih perlu dilakukan terhadap derivat 20 yang telah terbukti potensial secara in silico.
Kata Kunci: Kanker Payudara, zerumbon, analisis bioinformatika, docking molekular, reseptor MDM2
URI
https://repo.itera.ac.id/depan/submission/SB2304110007
Keyword